蓮如上人記念館から国道305号線を隔てた向かい側に吉崎御坊跡があります。
比叡山延暦寺衆徒の本願寺破却に遭い、親鸞聖人の御真影を奉じて近江の金森、堅田、大津を転々とした蓮如上人は、1471年（文明3年）越前国吉崎ににある北潟湖畔の吉崎山の頂きに、坊舎（吉崎御坊）を建立するに至りました。
吉崎御坊跡は、1975年に、国の史跡に指定され、現在は公園として整備されています。